CloneSpy hilft beim Entrümpeln der Festplatte und findet doppelte Dateien anhand der Checksumme oder des gleichen Namens. Mit Hilfe der Checksumme werden Dateien gleichen Inhalts ermittelt, nach Namen evtl. verschiedene Versionen der gleichen Datei.
Auch Kombinationen dieser Suchmethoden sind möglich. Doppelte Dateien können nach verschiedenen Kriterien automatisch gelöscht werden. Es lassen sich einzelne Verzeichnisse durchsuchen, aber auch zwei Verzeichnisse gegenüberstellen.